Kodumaja ettevõtetes on välja töötatud ja juurutatud terviklik juhtimissüsteem, mis vastab rahvusvaheliselt tunnustatud standarditele. Selle tõenduseks on rahvusvaheline sertifitseerimisbüroo Bureau Veritas Certification väljastanud sertifikaadi, mis tõendab juhtimissüsteemi ülesehituse ja toimimise vastavust järgmistele ISO standarditele:

ISO 9001:2015 – kvaliteedijuhtimissüsteem

ISO 14001:2015 – keskkonnajuhtimissüsteem

ISO 45001:2018 – tööohutuse ja töötervishoiu juhtimissüsteem 

Nii nagu toodanguga seotud tehniliste hinnangute ja tunnustuste puhul teeb ka juhtimissüsteemi sertifikaatide väljastaja Kodumaja ettevõtetes regulaarseid ja sõltumatuid auditeid, veendumaks, et sertifikaatide kehtimiseks vajalikud tingimused oleksid alati täidetud.